Fakultas Ekonomi Universitas Islam Sumatera Utara(FE UISU) didirikan oleh Yayasan Universitas Islam Sumatera Utara pada tanggal 16 februari 1957 yang merupakan Fakultas Ekonomi Swasta tertua di Sumatera. Pada awal berdirinya Fakultas Ekonomi mengasuh jurusan Ekonomi Umum dan Ekonomi Perusahaan dan perkembangan berikutnya tepatnya pada tahun 1980 jurusan Ekonomi berubah menjadi jurusan Studi Pembangunan dan Ekonomi perusahaan berubah menjadi jurusan Manajemen hingga saat ini. Kemudian pada tahun 1981 berdasarkan surat keputusan Menteri pendidikan dan Kebudayaan RI No. 0170/0/1980 tanggal 22 Desember 1981 Fakultas Ekonomi memperoleh status terdaftar untuk jurusan Ekonomi dan Studi Pembangunan dan jurusan manajemen. Selanjutnya berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI No.0339/0/1985 tanggal 29 juli 1985 jurusan Ilmu Ekonomi dan Studi Pembangunan dan Manajemen memperoleh status disamakan.
Kemudian khususnya jurusan manajemen mengalami perkembangan dan kemajuan yang cukup pesat dalam memenuhi kebutuhan dan tuntutan perkembangan zaman maka pada tahun 1993 Pemerintah memberikan izin pembukaan Program Magister Manajemen berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi No.560/Dikti/Kep/1993.
Pada tahun 1998 jurusan Ilmu Ekonomi dan Studi Pembangunan dan jurusan Manajemen memperoleh Akreditasi dari Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) Setelah itu, untuk mengantisipasi kebutuhan dan permintaan masyarakat Fakultas Ekonomi mendapatkan izin untuk membuka jurusan/program studi Akutansi berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Nomor 2563/D/T/2001 tanggal 02 agustus 2001. Oleh karena itu sampai saat ini Fakultas Ekonomi UISU mengasuh 5 Jurusan/Program Studi yaitu:
Program Studi Ilmu Ekonomi dan Studi Pembangunan
Program Studi Akuntansi
Program Studi Manajemen
Program Studi Kewirausahaan
Program Studi Magister Manajemen